В античной мифологической традиции основание Колофона обычно относят ко времени окончания Троянской войны. Достоверно известно, что территория, на которой располагается Колофон, была заселена уже в конце II тысячелетия до нашей эры. Город одним из первых вошел в состав Ионийского союза - крупного политического и экономического объединения древнегреческих полисов, возникшего примерно за 900 лет до нашей эры. Точное число участников этого союза доподлинно не установлено; историки чаще всего указывают 12 или 13 городов, расходясь во мнениях относительно Смирны, Мелиты и Фокеи. Зато вполне определенно можно сказать, что наряду с Колофоном в союзе состояли такие крупные и известные города, как Эфес, Приена и Милет.
Колофон также является одним из древних городов, претендовавших на то, чтобы считаться местом рождения легендарного Гомера, создателя эпосов "Илиада" и "Одиссея"
Создание Ионийского союза благотворно сказалось на развитии культуры и торговли в регионе, однако договориться об общих политических и военных целях участникам было традиционно нелегко. В частности, в ходе Лелантской войны усилился Милет, несмотря на то, что изначально этот город зависел от греческого полиса под названием Эритрея (что на острове Эвия, известного также как Эвбея), который по итогам полувекового конфликта (война с перерывами шла с 720 по 660 год до нашей эры) оказался в числе проигравших участников. Позже, уже в VI веке нашей эры ионийские города не смогли противопоставить серьезную военную силу усилившемуся Лидийскому царству, которое во времена правления Креза подчинило сумело подчинить себе всю Ионию, включая расположенные неподалеку религиозный центр Кларос. В ту же пору побережье в акватории Эгейского моря начинают промышлять морские разбойники с острова Самос, однако и против них Ионийский союз долго не мог предпринять решительных действий.
Тем не менее VI век до нашей эры - время расцвета всей Ионии. Во многих городах правители покровительствуют философам, ученым, поэтам. С основанной в Милете известным геометром Фалесом школы нередко начинают отсчет истории всей современной науки; мыслитель Анаксимен сформулировал закон сохранения материи. Во всех остальных городах региона также творили известные деятели. В самом Колофоне родился и долгое время жил философ-скептик Ксенофан, а также поэт Мимнерм, к творческому наследию которого в разные времена обращались литераторы из Афин, Александрии, Рима. Для истории литературы Мимнерм значим в первую очередь как автор античных любовных элегий и стихотворений, главной темой которых является эфемерность человеческой жизни:
В пору обильной цветами весны распускаются быстро
В свете горячих лучей листья на ветках дерев.
Словно те листья, недолго мы тешимся юности цветом,
Не понимая еще, что нам на пользу и вред.
В районе 500 года в Малую Азию приходят персы из державы Ахеменидов. Они захватывают Лидию, разрушают Милет. Колофон решает поддержать персов в войне против Афин; после ряда неудач персов значение города стало падать.
Вероятно, ту же пору (V век до нашей эры) в нескольких километрах к югу от Колофона берегу возникает небольшой порт, известный под названием Нотион. Долгое время он не имел сколько-нибудь важного значения, так как почти все торговые суда приходили в Эфес и Милет. Достаточно сказать, что взносы в афинский морской союз из Колофона были в 9 раз больше, чем взносы из Нотиона. В 406 году недалеко от порта произошло крупное морское сражение между афинским флотом и флотом Спарты и ее сторонников, известной в истории как сражение у Нотиума. Афинский флот был разбит, и хотя это сражение не имело ключевого значения для хода войны само по себе, после него от командования был отстранен полководец Алкивиад, до того одержавший ряд побед; в итоге уже через 2 года, после ряда поражений, Афины были полностью истощены и финансово и морально, и признали победу Спарты в Пелопонесской войне.
В IV веке в регионе с переменным успехом шла борьба Ионии, Карии и персов, однако все изменилось в 334 году. Во время наступления армии Александра Македонского его слава заметно опережала его войска. Казавшийся воплощением божества, царь одним своим именем внушал ужас; многие города Малой Азии (включая Эфес) сдались без боя.
На эту пору приходится расцвет деятельность одного из самых знаменитых уроженцев Колофона - живописца Апеллеса. Известный анекдот, связанный с ним, описан Пушкиным:
Картину раз высматривал сапожник
И в обуви ошибку указал;
Взяв тотчас кисть, исправился художник.
Вот, подбочась, сапожник продолжал:
«Мне кажется, лицо немного криво...
А эта грудь не слишком ли нага?»...
Тут Апеллес прервал нетерпеливо:
«Суди, дружок, не свыше сапога!»
С Апеллесом связывают и возникновение выражения "подвести черту". До наших дней его работы не сохранились.
После смерти Александра его приближенные поделили империю на несколько частей и в скором времени принялись воевать. В Ионии пересеклись интересы Фракии (где правил диадор Лисимах), Сирии (где правили Селевкиды - представители династии, основанной хилиархом Селевком, выдающимся полководцем и государственным деятелем) и Египта (там осел Птолемей Филадельф, бывший не просто военоначальником, а еще и телохранителем Александра Македонского). В ходе многочисленных конфликтов в регионе Фракия заметно усилилась; армии Лисимаха смогли взять Эфес, а Колофон был не просто захвачен, но и частично разрушен, жители были насильно переселены в Нотион и Эфес, который Лисимах сделал столицей своего государства. Схожая судьба (разорение с последующим переселением) ожидала и некоторые другие небольшие города региона, включая Лебедос.
В конечном счете название Колофон (или Новый Колофон) постепенно перешло к Нотиону. В ходе многочисленных конфликт между эллинистическими государствами ионийское побережье постоянно переходило из рук в руки: Эфес, Магнесия-на-Меандре и прочие города попадали то под власть Селевкидов, то переходили в руки Египта, то оказывались под сильным влиянием Пергама. К концу III века Эфес принадлежал династии Птолемеев, Новый Колофон контролировали Селевкиды, однако все земли к северу и западу от города принадлежали Пергаму (который в середине III века находился в формальной зависимости от Селевкидов, однако позже добился независимости), что приводило к тому, что Нотион переходил из рук в руки. Приена также добилась относительной самостоятельности.
В начале II века в регион приходят римляне, постепенно подчиняя себе дипломатией или грубой силой всю Малую Азию. Пергам в целом был лоялен Риму, поэтому солдаты из Нотиона сражались на стороне легионеров, за что город получил определенную автономию в 188 году. Его прежнее название почти забылось, и везде город упоминался как Колофон-на-юге, Колофон-на-море или просто Колофон. Как и во всех римских городах, здесь ведется небольшое строительство (дороги, термы).
В I веке в регион приходит христианство. Несмотря на развитые языческие культы (в Колофоне-на-море находился храм Афины), в городе и его окрестностях ведут свою подвижническую деятельности христианские священники. Вот что пишет Димитрий, митрополит Ростовский:
Святый Онисифоръ принадлежалъ также къ лику семидесяти апостоловъ. О немъ апостолъ Павелъ въ посланіи къ Тимофею говоритъ: да дастъ милость Господь Онисифорову дому, яко многажды мя упокои, и веригъ моихъ не постыдеся, но пришедъ въ Римъ, тощнее взыска мя и обрете. Сей Онисифоръ былъ епископомъ въ Колофоне и пострадалъ за веру, принявъ мученическую смерть.
По преданию, Онисифора схватили недалеко от Эфеса, куда он пришел проповедовать, и, привязав к коням, влачили по земле несколько километров.
Cуществуют версии, что апостолы Сосфен, Кифа и Тихик также были епископами в Колофоне.
Вероятно, именно благодаря обилию апостольских имен в Византии Колофон долгое время считался центром епископата, хотя уже со конца II века нашей эры город захирел и продолжал существование только в качестве местечкового порта.
До наших дней в оригинальном Колофоне дошли лишь фрагменты городской стены и фундаментов различных зданий; в Нотионе также уцелели фрагменты городской стены (в общей сложности они тянутся более 2 километров) с двумя башнями, а также небольшой амфитеатр, фрагменты храма Афины, остатки агоры и бань. С холма, на которой находится Нотион, открывается прекрасный вид на Кушадасы и остров Самос. В хорошую погоду на юго-западном направлении также можно увидеть Сельчук и некоторые руины Эфеса.
